Det finns ingen entydig beskrivning av Capoeirans ursprung. Det alla källor är överens om är att den började utövas av afrikanska slavar som transporterades till Brasilien på 1500-talet. Vissa menar att slavarna förde med sig traditionella, afrikanska kamparter och utvecklade capoeiran utifrån dem. Till exempel menar man att capoeira är baserad på den rituella dansen n’golo, som dansades av unga män i Angola och har akrobatiska inslag. Olika stridstekniker från Angola tros också ha influerat kampkonsten, som njinga, basula och gabetula. Även olika typer av bågformade instrument som användes i Angola och Kongo bär likheter till capoeirans instrument berimbau. Slavarna maskerade sina traditionella stridstekniker med capoeirans dansrörelser, eftersom kamparterna var förbjudna att utövas, och kunde på det sättet uttrycka sin kultur. Andra menar dock att capoeiran helt utvecklades i Brasilien.
Det sägs att slavarna drog sig undan ut i skogarna för att utöva capoeiran, där de inte var bevakade. De utförde kampkonsten på stora ytor där skog avverkats för att förbereda inför odling. På Tupi-indianernas språk kallades sådana ytor för ”puêra”, och det sägs att det är därifrån capoeiran har fått sitt namn.
Många slavar lyckades fly undan kolonisatörerna och flydde in i djungeln. Där bildade de små självständiga samhällen, så kallade quilombos, där capoeiran kunde frodas fritt. Läs mer om quilombos på wikipedia. När slaveriet avskaffades i Brasilien 1888, delvis som en följd av att quilombo-samhällena hade växt till en okontrollerbar nivå, fann sig många före detta slavar utan jobb. Det blev vanligt för capoeriautövare att ta upp arbete som livvakter och torpeder. Capoeiran började gå ifrån sina kulturella rötter och mer och mer utvecklas till ett brutalt slags gatuslagsmål. Capoeiran förbjöds då av brasilianska myndigheter, och började sakta falla i glömska och dö ut under förtrycket. Läs mer om anledningarna bakom förbudet på dalacapoeira. Endast några få mästare utövade fortfarande kamparten i hemlighet, och tog ofta så kallade apelidos, smeknamn, för att skydda sin identitet.
I början av 1900-talet kunde man ana hopp för capoeiran, tack vare en man som hette Mestre Bimba. Han utvecklade en form av capoeira som kallades ”capoeira regional” där utövarna bar rep i olika färger runt midjan för att visa vilken nivå de var på. Läs mer om Mestre Bimbas inflytande på capoeirans utveckling på wikipedia. När utländska diplomater såg och blev imponerade av Bimba och hans lärlingar blev deras inflytande tillräckligt för att diktatorn Gértulio Vargas skulle upphäva förbudet 1937.
En grupp utövare av capoeiran ville betona musik- och dansaspekten av capoeiran och gå tillbaka till kampkonstens rötter, vilket de inte ansåg att Bimba gjorde. De utvecklade vad som kallas ”capoeira angola”. När dessa gruppers inriktningar sedan kombinerades av senare generationer föddes den moderna capoeiran som utövas idag.